Obwohl alle 26 heimischen Fledermausarten durch die EU-Naturschutzrichtlinie, die Berner und die Bonner Konvention geschützt sein müssten, sind ein Zehntel der 50 am meisten gefährdeten Wirbeltierarten Österreichs Fledermäuse. Dies ist u. a. darauf zurückzuführen, dass für die fünf Fledermausarten in Österreich zu wenig gezielte Artenschutzprojekte durchgeführt werden.
Innerhalb der Staaten der Europäischen Union hat Österreich als eines von wenigen Ländern das Detailabkommen zur Erhaltung der europäischen Fledermauspopulationen (EUROBATS) nicht unterschrieben. Das Fledermausabkommen steht unter der Schirmherrschaft des Übereinkommens zur Erhaltung der wandernden wild lebenden Tierarten, der Bonner Konvention. Österreich hat diese Konvention zwar ratifiziert, da es dem Detailabkommen zum Schutz der Fledermäuse aber nicht beigetreten ist, ergibt sich keine Verpflichtung zu nachweislichem Schutz dieser bedrohten Tiere. Der Umweltdachverband fordert, dass Österreich als 33. europäisches Land dem Fledermausabkommen beitritt.